תעודת מקור (Certificate of Origin) היא מסמך המונפק על ידי מדינה המייצאת טובין בהתאם להוראות הסכם אזור סחר חופשי. המסמך משמש כאישור וכראיה תיעודית המעידה על מקור הטובין ועל זהותם. התעודה משמשת לצורך קבלה של העדפת מכס, במסגרת הסכמי הסחר אשר נחתמו בין ישראל למדינות נוספות כמו האיחוד האירופי (ששם היא מכונה EUR1) וארה"ב. תעודה שמולאה והוגשה כראוי מחייבת את שלטונות המכס במדינת היבוא, לנהוג בהתאם לכללי ההסכם שמשמעותם, שחרור הטובין תוך מתן העדפת מכס.
לתעודת המקור חשיבות צורנית, היות ומדובר בהסכמי סחר בין מדינות שונות, בעלות שיטות משפט שונות, ותרבות שלטונית ומנהלית שונה, ועליה להיות ערוכה בהתאם להסכם הסחר הספציפי. חשיבות נוספת ומשמעותית הינה לפרוצדורה שבה מוגשת התעודה, כפי שנקבע
בסעיף 14(ב)(1) לצו תעריף המכס הקובע כי על היבואן להציג את התעודה לפני שחרור הטובין. מי שרואה עצמו נפגע מהחלטת בית מכס בעניין הנוגע לזכאותו להעדפת מכס, ביבוא טובין לישראל, רשאי להגיש ערר לוועדה האזורית לענייני העדפה, היושבת בבית המכס בו נתקבלה ההחלטה. יבואנים רבים סבורים כי הם זכאים באופן אוטומאטי להעדפת מכס בעת הצגת תעודת המקור, אך לא כך הדבר. כל תעודת מקור חייבת לעמוד בכללי המקור הקבועים בהסכם הסחר הספציפי של אותה מדינה, ועל היבואן לוודא שהספק יכול לעמוד מאחורי תעודת המקור שהונפקה. לאחר הצגת של תעודת המקור, רשאית רשות המכס במדינת היבוא לפנות לרשות המכס במדינת היצוא בכדי לאמת את התעודה. תהליך זה עשוי להיות מופעל באופן רנדומאלי או על פי חשד כלפי כל תעודה המוצגת לרשות. תעודות אשר ייפסלו בהליך זה, יפסלו רטרואקטיבית את העדפת המכס שניתנה והיבואן יחויב בתשלום המס בצירוף ריבית הצמדה וקנס פיגורים.
סעיף 1(1) לחוק מסים עקיפים (מס ששולם ביתר או בחסר) תשכ"ח-1968 קובע כי ניתן לשלוח דרישת תשלום מס עקיף, בעניינו מכס, שלא שולם, עד חמש שנים מהיום שבו התהווה חוסר התשלום. לפיכך, הרשות רשאית, במידה ונפסלה תעודת מקור, אפילו לאחר כמעט חמש שנים, לחזור אל היבואן ולבטל את ההעדפה, כפי שפסק למשל בית המשפט
בתא (חי') שי מכר סחר 1996 בע"מ נ' מדינת ישראל- משרד האוצר מנהל המכס והמע"מ (2005) (פורסם בנבו).
לכן, יש חשיבות גדולה ליבואן לוודא שהספק יפעל בשיתוף פעולה מלא במקרה כזה עם רשות
המכס במדינת היצוא, על מנת שזו לא תפסול את התעודה. רצוי, בין היתר, כי יבואן אשר מסתמך על תעודת המקור של אותו הספק, להגיע להסכם המטיל חובת שיפוי ליבואן במידה ונפסלת התעודה שלו, מאחר שהוא תמחר את הסחורה ללא רכיב המכס. בנוסף, כדאי שהיבואן יבקש את האסמכתא שהתקבלה בנוגע לפסילת התעודה ממדינת היצוא, על מנת לוודא התאמה בין המשלוחים ותעודת המקור ביחס אליהם היא נפסלה, ולנסות להראות כי הרשות פעלה באופן שרירותי ומוטעה. לסיכום, גם אם נפסלה תעודת המקור של היבואן, כדאי לבחון אם ניתן לשנות את רוע הגזירה. בנוסף, על היבואן לחתור להסכם המשפה אותו ע"י הספק, במידה ונפסלו התעודות שמסר.